摩尼教，又称明教、明尊教、二尊教、末尼教、牟尼教等，创始人是摩尼（Mani，216－274），公元216年4月14日生于帕提亚巴比伦行省一户贵族家庭。
据说他在12岁和24岁时两次受到光明王国的使者——推茵神（Twin）的启示，在拜火教的理论基础上，吸收了基督教、佛教等教义所创的一个世界性宗教。摩尼教主张善与恶的二元论，认为宇宙间充满善与恶、光明与黑暗的斗争，并且有严密的教团组织和宗教制度。
这是一种将琐罗亚斯德教（祆教）与基督教、佛教混合而成的哲学体系，属于典型的波斯体系诺斯底二元论。摩尼教吸收了琐罗亚斯德教的善恶二元论思想、基督教的耶稣崇拜、佛教的轮回观念、马吉安主义对于旧约的否定、犹太教的天使概念，以及诺斯底主义的“灵知”思想，创造了二宗三际论体系。摩尼教徒将自己的宗教比喻为博大无垠的“世界之海”，而此前的各大宗教教派只是一条条的合流，最后它们都将汇入海中。
摩尼教主张“二宗三际论”，即空间上对立的光明、黑暗二宗，和时间上延续的过去、现在、未来（初际、中际、后际）三际。初际时，光明与黑暗对峙，分别由明界之主明尊察宛和暗界之主贪魔统治，互不侵犯。中际时，黑暗侵入光明，二者发生大战，人类世界因此产生。后际时，恢复到初际时相互对立的状态，但黑暗已被永远囚禁。
摩尼教的教义基础二宗三际论受到了祆教善恶二元论的深刻影响。摩尼教最高神明尊察宛（Zurvan），波斯语意为“时间”，引申为“永恒时间之神”。摩尼教认为祆教的至高神阿胡拉·玛兹达（Ahura Mazda、Ahuramazda）就是明尊第一次召唤出的战争之神先意。
阿胡拉·玛兹达是《波斯古经》中最常被提到的神名，古伊朗的至高神和智慧之神，被尊为“包含万物的宇宙”，它是全知的神，但并非全能。在善恶二元论中是代表光明的善神，与代表黑暗的恶神阿里曼进行长期的战斗，最后获得胜利。公元前1200年前后，琐罗亚斯德宣称它是创造一切的神，将阿胡拉·玛兹达奉为“唯一真正的造物主”，因此后来成为琐罗亚斯德教的最高神。
摩尼教认为耶稣只有神性而无人性（基督一性论）。在耶稣被钉上十字架时，天地震动，受难耶稣的位格显现出来。受难耶稣将救赎赋予万物。耶稣的力量位于太阳，智慧位于月亮，本质位于光耀柱（光明十字架）。慧明圣使大诺斯，即摩尼，是圣灵化身、智慧之源泉，是最后和最完美的使者。
摩尼教认为佛陀也是慧明圣使的化身之一。在中亚、印度传播时，信徒把摩尼当做弥勒佛化身。唐代文献《摩尼光佛教法仪略》更是宣扬摩尼、老子、佛陀的三圣同一论：“则老君托孕，太阳流其晶；释迦受胎，日轮叶其象。资灵本本，三圣亦何殊？成性存存，一贯皆悟道。”摩尼教在中国传播时也曾借用佛教名词，称教主为“摩尼光佛”，把众神都翻译为“佛”，又把光耀柱翻译成“卢舍那法身”，取其光明遍照、任持世界之意。
有学者认为摩尼教是第一个现代意义上的真正宗教，更被誉为真正世界性完美宗教的唯一代表。
萨珊波斯第二位国王沙普尔一世（Shāpūr I，242－272在位）对待摩尼十分宽容，不仅在自己的加冕仪式（公元242年）上宣布摩尼教属于合法宗教，而且允许摩尼及其信徒在萨珊波斯帝国境内传教。公元276年1月19日，巴赫拉姆一世（Bahram I，273－276在位）在琐罗亚斯德教大祭司科德（Kardēr）怂恿下，下令召摩尼回到贝拉斐（Bet Lapat）王宫，被指为异端。因他自称是耶稣的使徒，巴赫拉姆一世将他钉死在十字架上。其后，驻锡于巴比伦的宗教中心又受到穆斯林的强力打击，今日在波斯已经完全消失。欧洲的摩尼教因与基督教对耶稣基督的不同理解和对《旧约》的态度而被认定为异端，受到基督徒的猛攻，信徒转向中亚和东方。
武则天延载元年（公元694年），波斯人拂多诞持《二宗经》献于武则天，标志着摩尼教在中原地区公开建寺传教。开元二十年（公元732年）七月，唐玄宗曾下诏：“摩尼法本是邪见，妄称佛教，诳惑黎元，宜严加禁断。”
摩尼教于公元763年传入回鹘，由于受到回鹘统治者的大力扶持，发展迅猛，很快成为国教。安史之乱后，摩尼教借助回鹘对唐朝的势力重新进入中原，得到了再度发展。开成五年（公元840年）回鹘国破，被迫西迁，失去护法的摩尼教风光不再，会昌三年（公元843年）遭唐武宗敕禁，此后摩尼教在中原地区转入民间。
摩尼教势力虽不如佛教强大，但借助回鹘力量传教，得以居三夷教之首。正因如此，回鹘破灭之时，摩尼教亦首当其冲遭受打击，先于祆教、景教被禁。当时，摩尼教流行的地区以西北、华北地区为主，在闽浙沿海地区，因与波斯等国有海路交往，摩尼教也有一定势力。会昌法难时，大量摩尼教徒从帝国中心逃亡东南沿海。经会昌一劫，摩尼教再不能在社会公开传教，转而在民间秘密流传，并渐与其他宗教结合，历五代两宋仍不衰。
宋代的摩尼教呈现分化趋势。一部分摩尼教依托道教进一步发展。。大中祥符五年（1012），张君房以太清宫所藏唐代道藏为基础，又取苏州、越州、台州等地旧藏道藏，修成《大宋天宫宝藏》，其中包含了摩尼教《明使摩尼经》。近年来发现的霞浦文书显示霞浦明教先祖林瞪以道教“兴福真人”形象出现。浙江四明崇寿宫本为摩尼教寺院，后改为道教道观，其道士也认为摩尼是老子化身。
另一支摩尼教则流入民间，渐渐与白莲教、弥勒教等秘密宗教相融合，成为宋元时期农民起义的指导思想。方勺在《泊宅编》中则将民间宗教异端统称为“食菜事魔、夜聚晓散”，宣和元年（1119年）的方腊之乱也是这些异端中的一支。此后南宋建炎四年（1130年）锺相起义，元至正十年（1351年）“明王出世”的韩山童、刘福通起义，其思想中可能混有摩尼教成分。陆游《条对状》载：时“妖幻之人”，名目繁多，“淮南谓之二襘子，两浙谓之牟尼教，江东谓之四果，江西谓之金刚禅，福建谓之明教、揭谛斋之类。名号不一，明教尤盛。至有秀才、吏人、军兵亦相传习。其神号曰明使，又有肉佛、骨佛、血佛等号。白衣乌帽，所在成社。伪经妖像，至于刻版流布。”
元代明教是合法存在的，由一位也里可温（基督教）主教兼管江南诸路明教和秦教（景教）。福建晋江草庵摩尼光佛雕像雕刻于至元五年，草庵石室本身也建于元代。建于南宋的选真寺、潜光院等寺庙在元代得到修缮，碑铭记载有众多平民在此时皈依了明教。
朱元璋以明教造反起家，深知民间异端的影响。洪武元年，他接受李善长的建议，下诏禁绝民间宗教异端，明教也在禁绝之列。《大明律》即記載：「妄稱彌勒佛、白蓮社、明尊教、白雲宗等會，一應左道亂正之術，或隱藏圖像、燒香聚眾、夜聚曉散、佯修善事、煽惑民人，為首者絞，為從者各仗一百，流三千里。」吴晗认为明朝国号来源是承自明教。
摩尼教在创立的时候借鉴了基督教、琐罗亚斯德教、佛教等宗教的诸多成分。在其信徒传教过程中，又常常将其伪装成其他宗教的一支以减小传播阻力，因此历史上很多时候难以将摩尼教与其他宗教区分开来。在西方，摩尼教有时被认为是基督教异端，在东方则被当做附佛外道。
福建泉州晋江市的草庵是仅存的摩尼教庙宇。19世纪以来在敦煌莫高窟、新疆吐鲁番发现大批摩尼教文书，证明摩尼教在中国西北各地曾广泛传播。目前摩尼教被发现的中文文献有在敦煌发现的唐代《摩尼光佛教法仪略》、《下部赞》和《摩尼教残经》，近年则有反映明清明教形态、保留部分唐代经典传承的霞浦文书发现。
参考文献：
